Se formó en las divisiones menores de Alianza Lima, con a penas 16 años, Cueto formó parte del primer equipo blanquiazul. Su debut fue en un partido contra Deportivo Municipal. Empezó a alternar con el primer equipo, que en esa época tenía a grandes jugadores considerados como los mejores delanteros de la historia de Alianza: Baylón, Pitín Zegarra, Perico León, Cubillas y Babalú Martínez. En 1971, Alianza Lima quedó subcampeón y Cueto, con 19 a;os, se destacó como la principal pieza de recambio del equipo.
Cesar Cueto no tenía la continuidad que él deseaba, esto por la presencia de jugadores consagrados con el equipo blanquiazul, por eso aceptó el contrato que le propuso José Gálvez de Chimbote. Era un equipo recién ascendido que tenía la suficiente capacidad económica para contratar a jugadores. Con el equipo chimbotano llegó a clasificar a la liguilla fianl del campeonato peruano en el año 1972. Cueto tuvo un rendimiento sobresaliente y destacó junto a sus compa;eros que estaban, también, en un buen nivel. Sin embargo, después de una buena campaña, Gálvez, dejó de tener la estabilidad económica con la que contaba, por eso descendió a segunda división. En 1974 Cueto fichó por Deportivo Municipal, equipo el cual se enfrentó en su debut. Este fue su peor a;o debido a problemas económicos del club, fue irregular en ese campeonato.
Mejores jugadas de Cueto.
Esto fue en 1975, año en donde se dio el despegue definitivo del Poeta de la Zurda. Marcos Calderón era el técnico blanquiazul, donde tuvo una campa;a asombrosa, disputó 39 partido, alcanzó 22 victorias, 13 empates y tan solo 4 derrotas. Ese equipose destacaba por el talento y la habilidad de Cesar Cueto y el empuje de José Velásquez.
En 1977, Cueto, formó parte del equipo que es considerado por muchos el mejor equipo de su historia. Junto con Hugo Sotil, Teófilo Cubillasy José Velásquez, consiguieron el campeonato peruano. Al a;o siguiente consiguió el bicampeonato, aunque con más dificultad que el del a;o anterios. Cueto, es uno de los grande ídolos del Club Alianza Lima, ocupando un lugar al lado de grandes como Teófilo Cubillas y Alejandro Villanueva.
Goles y jugadas de Cesar Cueto.
Se fue a jugar a Colombia para el Atlético Nacional de Medellín, equipo en el que también se convirtió ídolo. En un su primera temporada, a base de magia y destreza, el cariño y respeto del pueblo colombiano. A pesar de que su equipo no ocupó una buena posición. Tuvo que esperar hasta 1981 para conseguir el título. Teniendo un excelente temporada con el cuadro verde, pudo ser el mejor jugador del campeonato.
Con 32 años, se fue para el América de Cali, con el que ganó el campeonato de 1984, siendo el capitán y conductor del equipo. Cueto sufrió una lesión que lo dejó fuera por una temporada. Ya recuperado, con 34 años, terminó jugando por el Deportivo Pereira y luego en el Cúcuta Deportivo, en ambos equipos mostró su gran calidad, retirándose definitivamente de la competencia oficial.
